Die bilateralen politischen Beziehungen sind traditionell gut und freundschaftlich. Zu den in El Salvador tätigen deutschen Einrichtungen zählen die Institutionen der deutschen Entwicklungszusammenarbeit (GIZ und KFW), die Deutsche Schule, die Auslandshandelskammer, politische Stiftungen, kirchliche Institutionen sowie zahlreiche Nicht-Regierungsorganisationen und private Initiativen (z.B. Schulpartnerschaften oder Gemeindekooperationen).

Viele deutsche Geschäftsleute haben zum wirtschaftlichen Aufbau El Salvadors beigetragen. Deutschland zählt zu El Salvadors wichtigsten europäischen Handelspartnern und ist einer der größten Importeure salvadorianischen Kaffees. Es existiert ein bilateraler Investitionsschutz- und Förderungsvertrag. Der Bitcoin wurde 2021 als amtliches Zahlungsmittel neben dem US-Dollar eingeführt, spielt im täglichen Leben aber keine Rolle.

Die bilaterale Entwicklungszusammenarbeit zwischen Deutschland und El Salvador besteht seit einem halben Jahrhundert, läuft aber aus. Seit 2008 erfolgt sie hauptsächlich im Rahmen der regionalen Zusammenarbeit mit dem Zentralamerikanischen Integrationssystem (SICA), das in El Salvador den Sitz seines Generalsekretariats hat, sowie im Rahmen der Förderung der Bank für Zentralamerikanische Wirtschaftsintegration (BCIE) mit Sitz in Honduras. Zudem werden in El Salvador zahlreiche Kleinprojekte der „klassischen“ Entwicklungszusammenarbeit gefördert (z.B. Verbesserung des Zugangs zu Trinkwasser, Infrastrukturmaßnahmen in Kliniken, Schulen).

Ein bilaterales Kulturabkommen bietet die Grundlage für die Kulturbeziehungen.